جلد 22، شماره 1 - ( بهار 1404 )
جلد 22 شماره 1 صفحات 30-20 |
برگشت به فهرست نسخه ها
Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Zandi M, Sharifi Z, Ajorloo M. Design and In-Silico Evaluation of Specific Primers for the HBZ Gene of HTLV-1 to Establish a semi-nested PCR Method. Sci J Iran Blood Transfus Organ 2025; 22 (1) :20-30
URL: http://bloodjournal.ir/article-1-1567-fa.html
URL: http://bloodjournal.ir/article-1-1567-fa.html
زندی مهدی، شریفی زهره، آجورلو مهدی. طراحی و ارزیابی این‌سیلیکو آغازگرهای اختصاصی ژن HBZ ویروس HTLV-1 جهت راه اندازی روش semi-nested PCR. فصلنامه پژوهشی خون. 1404; 22 (1) :20-30
استاد مرکز تحقیقات فرآورده های بیولوژیک و سلامت خون ـ مؤسسه عالی آموزشی و پژوهشی طب انتقال خون
چکیده: (363 مشاهده)
چکیده
سابقه و هدف
ویروس لنفوتروپیک سلول T انسانی نوع 1 (HTLV-1)، تنها رتروویروس سرطان‌زای انسانی است که با بیماری‌هایی نظیر لوسمی/ لنفوم سلول T بالغین (ATL) و فلج اسپاستیک گرمسیری مرتبط می‌باشد. روش‌های سرولوژیکی مانند الایزا و وسترن بلات، ابزارهای رایجی برای تشخیص این ویروس هستند اما محدودیت‌هایی دارند. روش‌های مبتنی بر PCR با شناسایی مستقیم ماده ژنتیکی ویروس، حساسیت بالاتری ارائه می‌دهند. ژن HBZ ، که توسط رشته منفی پروویروس HTLV-1 کد می‌شود، نقش مهمی در سرطان‌زایی دارد و برخلاف سایر ژن‌های ویروسی، دچار جهش‌های مداوم نمی‌شود. در این مطالعه، ژن HBZ برای طراحی آغازگرهای اختصاصی و توسعه آزمایش semi-nested PCR بررسی شد.
مواد و روش‌ها
در یک مطالعه مقطعی، توالی ژن HBZ از ایزوله‌های گوناگون ویروس از پایگاه داده NCBI استخراج شد و با نرم‌افزار MEGA6 هم‌ردیف گردید. طراحی آغازگر از ناحیه محافظت شده مشترک بین تمامی سویه‌ها انجام شد. جهت ارزیابی آغازگرها از نرم‌افزارهای OligoAnalyzer و SnapGene استفاده گردید. در مرحله آزمایشگاهی، DNA ژنومی استخراج شده از نمونه‌های خون، مورد واکنش semi-nested PCR قرار گرفت و محصولات حاصل با روش الکتروفورز ژل آگارز ارزیابی گردید.
یافته‌ها
طراحی آغازگرهای ژن HBZ با استفاده از نرم‌افزارهای بیوانفورماتیکی به طور موفقیت‌آمیزی انجام شد. نتایج ارزیابی‌های این‌سیلیکو پس از سنتز و آزمایش آغازگرهای طراحی شده، در آزمایشگاه تأیید شد و با نتایج پیش‌بینی شده بیوانفورماتیکی یکسان بودند.
نتیجه گیری
طراحی آغازگرهای ژن HBZ و توسعه آزمایش semi-nested PCR با موفقیت انجام شد. نتایج آزمایشگاهی، پیش‌بینی‌های بیوانفورماتیکی را تایید کرده و کارآیی این روش را برای تشخیص دقیق و سریع ویروس نشان داد.
سابقه و هدف
ویروس لنفوتروپیک سلول T انسانی نوع 1 (HTLV-1)، تنها رتروویروس سرطان‌زای انسانی است که با بیماری‌هایی نظیر لوسمی/ لنفوم سلول T بالغین (ATL) و فلج اسپاستیک گرمسیری مرتبط می‌باشد. روش‌های سرولوژیکی مانند الایزا و وسترن بلات، ابزارهای رایجی برای تشخیص این ویروس هستند اما محدودیت‌هایی دارند. روش‌های مبتنی بر PCR با شناسایی مستقیم ماده ژنتیکی ویروس، حساسیت بالاتری ارائه می‌دهند. ژن HBZ ، که توسط رشته منفی پروویروس HTLV-1 کد می‌شود، نقش مهمی در سرطان‌زایی دارد و برخلاف سایر ژن‌های ویروسی، دچار جهش‌های مداوم نمی‌شود. در این مطالعه، ژن HBZ برای طراحی آغازگرهای اختصاصی و توسعه آزمایش semi-nested PCR بررسی شد.
مواد و روش‌ها
در یک مطالعه مقطعی، توالی ژن HBZ از ایزوله‌های گوناگون ویروس از پایگاه داده NCBI استخراج شد و با نرم‌افزار MEGA6 هم‌ردیف گردید. طراحی آغازگر از ناحیه محافظت شده مشترک بین تمامی سویه‌ها انجام شد. جهت ارزیابی آغازگرها از نرم‌افزارهای OligoAnalyzer و SnapGene استفاده گردید. در مرحله آزمایشگاهی، DNA ژنومی استخراج شده از نمونه‌های خون، مورد واکنش semi-nested PCR قرار گرفت و محصولات حاصل با روش الکتروفورز ژل آگارز ارزیابی گردید.
یافته‌ها
طراحی آغازگرهای ژن HBZ با استفاده از نرم‌افزارهای بیوانفورماتیکی به طور موفقیت‌آمیزی انجام شد. نتایج ارزیابی‌های این‌سیلیکو پس از سنتز و آزمایش آغازگرهای طراحی شده، در آزمایشگاه تأیید شد و با نتایج پیش‌بینی شده بیوانفورماتیکی یکسان بودند.
نتیجه گیری
طراحی آغازگرهای ژن HBZ و توسعه آزمایش semi-nested PCR با موفقیت انجام شد. نتایج آزمایشگاهی، پیش‌بینی‌های بیوانفورماتیکی را تایید کرده و کارآیی این روش را برای تشخیص دقیق و سریع ویروس نشان داد.
فهرست منابع
1. Poiesz BJ, Ruscetti FW, Gazdar AF, Bunn PA, Minna JD, Gallo RC. Detection and isolation of type C retrovirus particles from fresh and cultured lymphocytes of a patient with cutaneous T-cell lymphoma. Proc Natl Acad Sci U S 1980;77(12):7415-9. [DOI:10.1073/pnas.77.12.7415] [PMID] []
2. Baratella M, Forlani G, Raval GU, Tedeschi A, Gout O, Gessain A, et al. Cytoplasmic Localization of HTLV-1 HBZ Protein: A Biomarker of HTLV-1-Associated Myelopathy/Tropical Spastic Paraparesis (HAM/TSP). PLoS egl Trop Dis 2017;11(1):e0005285. [DOI:10.1371/journal.pntd.0005285] [PMID] []
3. Hedayati-Moghaddam MR. A Systematic Review for Estimation of HTLV-I Infection in the Blood Donors of Iran. Iran J Basic Med Sci. 2013;16(3):196-201.
4. Proietti FA, Carneiro-Proietti AB, Catalan-Soares BC, Murphy EL. Global epidemiology of HTLV-I infection and associated diseases. Oncogene. 2005;24(39):6058-68. [DOI:10.1038/sj.onc.1208968] [PMID]
5. Kia V, Forouzandeh Moghadam M, Paryan M, Raz A, Mirab cation of HBV and HTLV-I viruses by Melting curve Samiee S. Simultaneous detection and identifi analysis ofmultiplex Real-time PCR. Molecular and Biochemical Diagnosis Journal 2014;1(1):51-8.
6. Cánepa C, Salido J, Ruggieri M, Fraile S, Pataccini G,Berini C, et al. Low Proviral Load is Associated with Indeterminate Western Blot Patterns in Human T-Cell Lymphotropic Virus Type 1 Infected Individuals: Could Punctual Mutations be Related? Viruses 2015;7(11):5643-58. [DOI:10.3390/v7112897] [PMID] []
7. Green MR, Sambrook J. Nested Polymerase Chain Reaction (PCR). Cold Spring Harb Protoc. 2019 Feb 1;2019(2). [DOI:10.1101/pdb.prot095182] [PMID]
8. Caterino-de-Araujo A, Campos KR. Defective particles of human T-lymphotropic virus and negative results in molecular assays. Infect Genet Evol 2021;96:105141. [DOI:10.1016/j.meegid.2021.105141] [PMID]
9. Begum KT, Wnaiza J, Absar N, Az S. In Silico Primer Design for Accurate Detection of SARS-CoV-2 Delta Variants. JBCG 2022;5:104. [DOI:10.17303/jbcg.2022.5.104]
10. Gallego S, Mangano A, Gastaldello R, Sen L, Medeot S. Usefulness of a Nested-polymerase chain reaction for molecular diagnosis of human T-cell lymphotropic virus type I/II. Mem Inst Oswaldo Cruz. 2004 Jun;99(4):377-80. [DOI:10.1590/S0074-02762004000400006] [PMID]
11. Blanco S, Frutos MC, Balangero MC, Gallego SV. Human T-Lymphotropic virus type 1 infection in absence of tax gene: A challenge for molecular diagnosis. Infect Genet Evol 2021;90:104765. [DOI:10.1016/j.meegid.2021.104765] [PMID]
ارسال پیام به نویسنده مسئول
| بازنشر اطلاعات | |
 |
این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است. |
