فصلنامه پژوهشی خون

چکیده
سابقه و هدف 
استفاده از کنترل مثبت در آزمایش‌های Real-Time PCR برای اطمینان از صحت آزمایش ضروری است که این کنترل‌ها در حال حاضر عمدتاً از منابع بالینی تهیه می‌شوند. زمانی که دسترسی به نمونه‌های مثبت بیولوژیک فراهم نباشد استفاده از روش PCA یا Polymerase Cycle Assembly برای ساخت کنترل مثبت، راهگشا خواهد بود. هدف از این پژوهش تعیین کارآیی روش سنتز آنزیمی برای تولید قطعات DNA ژنومیک جهت کاربردهای بیولوژی مولکولی بود. تاکنون مطالعه‌ای پیرامون بررسی کارآیی روش PCA به منظور تولید کنترل مثبت HSV-2 انجام نگرفته است و این روش عمدتاً برای مونتاژ توالی استفاده شده است. 
مواد و روش‌ها
اولین قدم در این مطالعه تجربی، طراحی قطعات هم‌پوشان بود. ناحیه‌ای در ژنوم HSV-2 که برای آن این قطعات طراحی شدند، ناحیه‌ای منحصر به فرد به نام US6 بود. این ناحیه از طریق یک مطالعه گذشته‌نگر انتخاب شد. سپس ساختارهای ثانویه و پارامترهای ترمودینامیکی قطعات همپوشان با نرم‌افزار AllelelD بررسی شد. با استفاده از نرم افزار MEGA نسخه 11، طراحی آغازگرها برای ناحیه ای منحصر به فرد در ژن US6 در ژنوم HSV-2 صورت گرفت. ژنوم HSV-2 با نرم افزار SnapGene مورد بررسی قرار گرفت. بررسی تکمیلی خود آغازگرها و محصول آنها از ساحتار ثانویه با MFold صورت گرفت. این نرم‌افزار، توالی که قرار است برای آغازگر طراحی شود از نظر ساختار ثانویه بررسی می‌کند.
یافته‌ها
با توجه به درجه بالای شباهت توالی‌های HSV-1 و HSV-2 در بررسی‌های هم ردیفی، با سخت‌گیری شدید برای نواحی با بیشترین تفاوت طبیعی در محل ژن US6، آغازگر و قطعات هم‌پوشان طراحی شد. نتایج بلاست برای محصول PCR در محیط in silico و حصول بالاترین امتیاز برای HSV-2 اختصاصیت آغازگرهای طراحی شده را تایید کرد. توسط نرم‌افزار SnapGene، اندازه قطعه تکثیر یافته در این مطالعه تخمین زده شد که برای مطالعه‌های بعدی 70 جفت باز باشد.  
نتیجه گیری            
نتایج حاصله نشان داد روش سنتتیک می‌تواند کیفیت مناسبی برای ساخت کنترل مثبت داشته باشد و در حقیقت در محیط in silico توالی‌های طراحی شده به عنوان کنترل مثبت HSV-2 از منظر محتوای توالی مشابه با توالی‌های طبیعی این ویروس بودند که این مهم نشان می‌دهد نتایج روش PCA معادل کاربرد کنترل بالینی مثبت است.