جلد 22، شماره 2 - ( تابستان 1404 )                   جلد 22 شماره 2 صفحات 110-100 | برگشت به فهرست نسخه ها

Ethics code: IR.TMI.REC.1402.011.

XML English Abstract Print

Download citation:
BibTeX | RIS | EndNote | Medlars | ProCite | Reference Manager | RefWorks
Send citation to:
Sharif Zandieh Z, Samiee S, MousaviHosseini K, Sharifi Z. In Silico Synthesis of HSV-2 Positive Control Using Polymerase Cycling Assembly. bloodj 2025; 22 (2) :100-110
URL: http://bloodjournal.ir/article-1-1572-fa.html
شریف زندیه زهرا، سمیعی شهرام، موسوی حسینی کامران، شریفی زهره. سنتز این‌سیلیکو کنترل مثبت HSV-2 با استفاده از روش Polymerase Cycling Assembly. فصلنامه پژوهشی خون. 1404; 22 (2) :100-110

URL: http://bloodjournal.ir/article-1-1572-fa.html

سنتز این‌سیلیکو کنترل مثبت HSV-2 با استفاده از روش Polymerase Cycling Assembly
زهرا شریف زندیه ، شهرام سمیعی* ، کامران موسوی حسینی ، زهره شریفی
مربی مرکز تحقیقات انتقال خون ـ مؤسسه عالی آموزشی و پژوهشی طب انتقال خون
چکیده:   (257 مشاهده)

چکیده
سابقه و هدف 
استفاده از کنترل مثبت در آزمایش‌های Real-Time PCR برای اطمینان از صحت آزمایش ضروری است که این کنترل‌ها در حال حاضر عمدتاً از منابع بالینی تهیه می‌شوند. زمانی که دسترسی به نمونه‌های مثبت بیولوژیک فراهم نباشد استفاده از روش PCA یا Polymerase Cycle Assembly برای ساخت کنترل مثبت، راهگشا خواهد بود. هدف از این پژوهش تعیین کارآیی روش سنتز آنزیمی برای تولید قطعات DNA ژنومیک جهت کاربردهای بیولوژی مولکولی بود. تاکنون مطالعه‌ای پیرامون بررسی کارآیی روش PCA به منظور تولید کنترل مثبت HSV-2 انجام نگرفته است و این روش عمدتاً برای مونتاژ توالی استفاده شده است. 
مواد و روش‌ها
اولین قدم در این مطالعه تجربی، طراحی قطعات هم‌پوشان بود. ناحیه‌ای در ژنوم HSV-2 که برای آن این قطعات طراحی شدند، ناحیه‌ای منحصر به فرد به نام US6 بود. این ناحیه از طریق یک مطالعه گذشته‌نگر انتخاب شد. سپس ساختارهای ثانویه و پارامترهای ترمودینامیکی قطعات همپوشان با نرم‌افزار AllelelD بررسی شد. با استفاده از نرم افزار MEGA نسخه 11، طراحی آغازگرها برای ناحیه ای منحصر به فرد در ژن US6 در ژنوم HSV-2 صورت گرفت. ژنوم HSV-2 با نرم افزار SnapGene مورد بررسی قرار گرفت. بررسی تکمیلی خود آغازگرها و محصول آنها از ساحتار ثانویه با MFold صورت گرفت. این نرم‌افزار، توالی که قرار است برای آغازگر طراحی شود از نظر ساختار ثانویه بررسی می‌کند.
یافته‌ها
با توجه به درجه بالای شباهت توالی‌های HSV-1 و HSV-2 در بررسی‌های هم ردیفی، با سخت‌گیری شدید برای نواحی با بیشترین تفاوت طبیعی در محل ژن US6، آغازگر و قطعات هم‌پوشان طراحی شد. نتایج بلاست برای محصول PCR در محیط in silico و حصول بالاترین امتیاز برای HSV-2 اختصاصیت آغازگرهای طراحی شده را تایید کرد. توسط نرم‌افزار SnapGene، اندازه قطعه تکثیر یافته در این مطالعه تخمین زده شد که برای مطالعه‌های بعدی 70 جفت باز باشد.  
نتیجه گیری            
نتایج حاصله نشان داد روش سنتتیک می‌تواند کیفیت مناسبی برای ساخت کنترل مثبت داشته باشد و در حقیقت در محیط in silico توالی‌های طراحی شده به عنوان کنترل مثبت HSV-2 از منظر محتوای توالی مشابه با توالی‌های طبیعی این ویروس بودند که این مهم نشان می‌دهد نتایج روش PCA معادل کاربرد کنترل بالینی مثبت است.
 

واژه‌های کلیدی: الیگونوکلئوتیدها، Real-Time PCR، هرپس ویروس 2
متن کامل [PDF 730 kb]   (135 دریافت) |   |   متن کامل (HTML)  (48 مشاهده)  
نوع مطالعه: پژوهشي | موضوع مقاله: بيوتكنولوژي
فهرست منابع
1. Hughes RA, Ellington AD. Synthetic DNA Synthesis and Assembly: Putting the Synthetic in Synthetic Biology. Cold Spring Harb Perspect Biol. 2017 Jan 3;9(1):a023812. [DOI:10.1101/cshperspect.a023812] [PMID] []
2. Hoose A, Vellacott R, Storch M, Freemont PS, Ryadnov MG. Publisher Correction: DNA synthesis technologies to close the gene writing gap. Nat Rev Chem. 2023 Aug;7(8):590. [DOI:10.1038/s41570-022-00456-9] [PMID] []
3. Song LF, Deng ZH, Gong ZY, Li LL, Li BZ. Large-Scale de novo Oligonucleotide Synthesis for Whole-Genome Synthesis and Data Storage: Challenges and Opportunities. Front Bioeng Biotechnol. 2021 Jun 22;9:689797. [DOI:10.3389/fbioe.2021.689797] [PMID] []
4. Cello J, Paul AV, Wimmer E. Chemical synthesis of poliovirus cDNA: generation of infectious virus in the absence of natural template. Science. 2002 Aug 9;297(5583):1016-8. https://doi.org/ 10.1126/science.1072266 [DOI:10.1126/science.1072266] [PMID]
5. Herpes: HSV1 and HSV2. https://www.hopkinsmedicine.org/health/conditions-and-diseases/herpes-hsv1-and-hsv2#:~:text=In%20the%20case%20of%20HSV,is%20active%20at%20that%20time.
6. Juhl D, Mosel C, Nawroth F, Funke AM, Dadgar SM, Hagenström H, et al. Detection of herpes simplex virus DNA in plasma of patients with primary but not with recurrent infection: implications for transfusion medicine? Transfus Med. 2010 Feb;20(1):38-47. [DOI:10.1111/j.1365-3148.2009.00951.x] [PMID]
7. Wong ML, Medrano JF. Real-time PCR for mRNA quantitation. Biotechniques. 2005 Jul;39(1):75-85. [DOI:10.2144/05391RV01] [PMID]
8. Han X, Beck K, Bürgmann H, Frey B, Stierli B, Frossard A. Synthetic oligonucleotides as quantitative PCR standards for quantifying microbial genes. Front Microbiol. 2023 Oct 24;14:1279041. [DOI:10.3389/fmicb.2023.1279041] [PMID] []
9. Kadkhodaei S, Rajabi Memari H, Abbasiliasi S, Akhavan Rezaei M, Movahedi A, Joo Shun T, et al. Multiple overlap extension PCR (MOE-PCR): an effective technical shortcut to high throughput synthetic biology. RSC Advances 2016;6(71):66682-66694. [DOI:10.1039/C6RA13172G]
10. Wilson CC, Wozney KM, Smith CM. Recognizing false positives: synthetic oligonucleotide controls for environmental DNA surveillance. Methods in Ecology and Evolution 2016;7(1):23-29. [DOI:10.1111/2041-210X.12452]
11. Borst A, Box AT, Fluit AC. False-positive results and contamination in nucleic acid amplification assays: suggestions for a prevent and destroy strategy. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2004 Apr;23(4):289-99. [DOI:10.1007/s10096-004-1100-1] [PMID]
12. TerMaat JR, Pienaar E, Whitney SE, Mamedov TG, Subramanian A. Gene synthesis by integrated polymerase chain assembly and PCR amplification using a high-speed thermocycler. J Microbiol Methods. 2009 Dec;79(3):295-300. [DOI:10.1016/j.mimet.2009.09.015] [PMID] []
13. Chen Z, Zhao K, Tan B, Tong Z, He Z, Luo X, et al. Development of a high specificity typing method for the detection of herpes simplex virus. Front Bioeng Biotechnol. 2022 Aug 17;10:955713. [DOI:10.3389/fbioe.2022.955713] [PMID] []
ارسال نظر درباره این مقاله : نام کاربری یا پست الکترونیک شما:
CAPTCHA
ارسال پیام به نویسنده مسئول

بازنشر اطلاعات
Creative Commons License این مقاله تحت شرایط Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License قابل بازنشر است.

کلیه حقوق این وب سایت متعلق به فصلنامه پژوهشی خون می‌باشد.

طراحی و برنامه نویسی: یکتاوب افزار شرق

© 2025 CC BY-NC 4.0 | Journal of Iranian Blood Transfusion

Designed & Developed by: Yektaweb